Ngày 21 tháng 10 năm 1861, tại Leesburg, quận Loudoun, bang Virginia diễn ra trận chiến Ball Bluff. Trước khi trận diễn ra, Baker đã rời khỏi Thượng viện để tham gia trận và ông là đại tá. Đáng tiếc, khi trận đánh diễn ra thì Edward Baker đã bị giết chết khi đang dẫn đầu một đoàn Liên minh quân đội, và ông đã vô cùng tức giận với người đã giết mình và sau đó, Edward Dickinson Baker qua đời. Ông ở chức Thượng nghị sĩ chỉ được 1 năm 19 ngày, hưởng dương 50 tuổi.

Cái chết của ông gây sốc cho các viên chức Washington và dẫn đến sự hình thành của Ủy ban hỗn hợp của Quốc hội về ứng xử của các cuộc chiến tranh. Gần ba năm sau khi ông chết, góa phụ của ông Baker - Mary Ann - được đặt trên các cuộn hưu trí của chính phủ, được nhận 55 đô la mỗi tháng. Dự luật của Quốc hội đề xuất khoản trợ cấp này có thể được xem tại trang web của Thư viện Quốc hội.